ФСКН был образован в 2003 году путем выведения Государственного комитета по противодействию незаконному обороту наркотических средств и психотропных веществ из состава МВД и передачи ему личного состава и материальной базы упраздняемой налоговой полиции.

ФМС была создана в 2004 году путем выделения из состава МВД подразделений паспортно-визовой службы и подразделений по делам миграции.